In de jaren 1630 gaven Graaf Giangirolamo II Acquaviva d'Aragona (bekend als Il Guercio di Puglia) en zijn gemalin Isabella Filomarino opdracht tot de renovatie van de oude Romaanse kerk van San Matteo. Ze wijdden het nieuwe complex toe aan de Heilige Genezers Cosmas en Damianus, aan wie de graven bijzonder toegewijd waren, nadat ze een genade van hen hadden ontvangen.